(1)指貪、瞋、癡三種煩惱最能損害人體健康，是產生其他煩惱的根本。《洞真太上太霄琅書》卷七：「遺貪淫，息瞋恚，除邪愚滅三毒。三毒滅亡，無復老病死苦。」元玄全子《真仙直指語錄》卷上：「何為有心?蓋緣眾生貪、瞋、癡三毒孽，無明心火。師曰：跳出三山口是也。」(2)指心業中之陰私毒、賊害毒、讒害毒。(見《道門經法相承次序》卷上)。(3)即三尸：上尸彭琚，中尸彭預，下尸彭王喬。三尸神名三毒，因其常在人身作祟，阻礙修煉，故名三毒。《太上老君清靜經圖注》：「三毒者，三尸也。人身有三尸，神名三毒。上尸名彭琚，管人上焦善惡；中尸名彭頊，管人中焦善惡；下尸名彭王喬，管人下焦善惡。上尸住玉枕關中，中尸住夾脊關，下尸住尾閭關中。每逢庚申、甲子，詣奏善惡。」