(1)教義名詞。道教認為「三清」神君乃三元之氣所化生。《道藏經目錄•宗源》：「原夫道家由肇，起自無先，垂跡應感，生乎妙一，從乎妙一，分為三元。又從三元變成三氣，又從三氣變生三才，三才既滋，萬物斯備。其三元者，第一混洞太無元，第二赤混太無元，第三冥寂玄通元。從混洞太無元化生天寶君，從赤混太無元化生靈寶君，冥寂玄通元化生神寶君。大洞之跡別出為化，主治在三清境。」
(2)三元為老子之號。《道德經•第十四章》：「視之不見，名曰夷；聽之不聞，名曰希；搏之不得，名曰微。」(見《上清仙府瓊林經》)。
(3)術數家以天干、地支及其所藏五行謂之天、地、人為三元。《儒門崇理折衷堪輿完孝錄》卷三《三元例》：「十干是天元；十二支是地元；子中藏癸水，丑中藏癸己辛，寅中藏甲丙戊，卯中藏乙木，辰中藏乙癸戊，巳中藏丙戊庚，午中藏丁己，未中藏乙己丁，申中藏庚壬戊，酉中藏辛金，戌中藏辛丁戊，亥中藏壬甲，此皆人元也。」
(4)神名。指三官。《唐六典》卷四「祠部郎中」：道士有「三元齋：正月十五日天官為上元，七月十五日地官為中元，十月十五曰水官為下元，皆法身自懺愆罪焉。」舊俗有「三元節」之稱，節日與此述相同。趙翼《陔餘叢考》卷三十五：「其以正月、七月、十月之望(十五日)為三元日，則自元魏始。」參見「三官」。
(5)指天、地、水。《雲笈七籤》卷五十六：「夫混沌分後，有天地水三元之氣，產生人倫，長養萬物。」
(6)指日、月、星。並以之作為日、月、星之神的總稱。《黃庭內景經》：「上睹三元如連珠。」注：「三元，謂三光之元，日、月、星也。」
(7)指上、中、下三丹田。《周易參同契》下：「含養精神，通德三元。」元俞琰注：「三元，上中下之三田也。」
(8)指精、氣、神。《悟真篇》卷上：「四象化形全籍士，三元八卦豈離壬。」清董德寧注：「三元者，三才也。其在天為日、月、星之光，在地為水、火、土之要，在人為精、氣、神之三物也。」陳攖寧《黃庭經講義》：「三元即元精、元氣、元神。」參見「元精」、「元氣」、「元神」條。
(9)指玄、元、始三祖氣。《天皇至道太清玉册》卷二：「一氣分在三，號玄、元、始，三氣分判，則立三才。人身象之清濁之體，分為三部，部各有神，亦曰三田。田各有寶，故一而二，二而三，吾身之真也，總謂之三元。」
(10)三尊神名。謂天寶君、靈寶君、神寶君。《道藏目錄詳注•道教宗源》：「其三元者……從混洞太無元化生天寶君，從赤混太無元化生靈寶君，從冥寂元(玄)通元化生神寶君。」
(11)似元精、元氣、元神為三元。《性命圭旨》：「精、氣、神謂之三元，三元合一丹成也。」
(12)元旦，農曆正月初一。《初學記》卷四隋杜臺卿《玉燭寶典》「正月為端月，其一日為元日……亦云三元。」注：「歲之元，時之元，月之元。」《南齊書•武帝紀》：「緣淮戎將，久處邊勞，三元行始，宜沾恩慶。」也稱「三朔」。
(13)術數家以六十甲子配九宮，一百八十年一周始，第一甲子為上元，第二甲子為中元，第三甲子為下元，合稱三元。《晉書•符堅載記》下：「從上元人皇起，至中元，窮於下元，天地一變，盡三元而止。」
(14)古時科舉考試，鄉試、會試、殿試都是第一名，叫三元，即解元、會元、狀元。(見宋趙升《朝野類要》卷二《舉業•三元》)。明代又以殿試的前3名為三元。
(15)齋法名品。指一月之上、中、下三旬持修齋法。《洞真太上太霄琅書》：「三元名品，其教不同，上九中六下三日也。若長齋。一月之中，歷修三元，皆營其已。上旬上元，思神合藥；中旬中元，解身所犯；下旬下元，拔度七祖，能行九真明科，贖先祖及己身九條罪者，可修三年之齋。」
(16)指頭為天元、心為中元、腎為下元。《洞真太上道君元丹上經》：「故使陰陽之數，歷備三元，頭為天元，心為中元，腎為下元，並三萬六十神主所治，名曰三元微妙，分別左右。」
(17)經書名。即《高上三元布經》簡稱。《天上秘要》卷三十一《經德品》：「《高上三元布經》，乃上清三天真書，上真玉檢習空之篇。上元檢天大錄；下元檢地玉文，中元檢仙真書。」參見「洞真三元玉檢經」條。
(18)猶言祖氣。《洞真太上素靈洞元大有妙經》：「三元者，九天之玉真，上真之正道也，胎根之所生，六合之所存。故正一大道以出真帝，正道玄真，以生大神，離合五老，萬化忽成，三元解變，則一之所生也。故變氣布結，神得以靈，眾真歸一而玄功成焉。此正道之祖宗，元氣之根始也，散之於無則白氣杏合；養之於形則長生永久。夫三一之法，觀道備於三元。」
(19)指人之頭、腹、足。《備急千金要方》卷八十四：「……此為三部。法象三才天地人，頭、腹、足為三元也。」
(20)神號。指上元道化明曜妙感真君，居上元洞清宮；中元護正丹輝妙道真君，居中元洞漳宮；下元定志符映妙道真君，居下元洞露宮。《道法會元》卷三「三元」下注：「總名三元洞和宮。」
(21)《三洞神符記》：陸先生(修靜)解三才謂這三元。三元者，一曰混洞太無元高上玉皇之氣，二曰赤混太無元無上玉清之氣，三曰冥寂玄通元無上玉虛之氣。《文昌大洞仙經》：混沌太無元、赤混太無元、冥寂玄通元。
(22)內丹名詞。道教內丹法有百日功之說，指周天功後第一百日使氣透通尾閭穴之上十八節而入泥丸，為藥力全；又一百日作肘後金晶功為聖胎堅；再一百日為真氣生，胎仙圓。三百日無差，聖胎自堅，稱行此三百日功法為三元。《靈寶畢法》卷中《肘後飛金晶第五》：「此是日用事，乃曰三元。」參見「三元用事」條。