道教名詞。①道教教義。道教認為，立教必有教理教義，教義必有經誥記載，經誥必有經師傳授，而「道家經誥，起自三元」。《雲笈七籤·道教三洞宗元》說：「其三元者，第一混洞太無元，第二赤混太無元，第三冥寂玄通元。」從三元分別產生天寶君、靈寶君、神寶君，稱為「三寶」。三寶君分別治玉清境、上清境、太清境，故又稱「三清」。

三清境分別為清微天、禹餘天、大赤天，故又稱「三天」。三天之氣分別為始青、元白、玄黃，稱作「三氣」。三氣來自三元。而三元又生於「妙一」，故《九天生神章經》說：「三號雖殊，本同一也。」三寶君分別為洞真、洞玄、洞神教主，傳授三洞經典秘籙。②指「三官」。《唐六典》卷四「祠部郎中」：「[道士有]三元齋：正月十五日天官為上元，七月十五日地官為中元，十月十五日水官為下元，皆法身自懺愆罪焉。」舊俗有三元節之稱，節日與上述齋期相同趙翼《陔餘叢考》卷三十五：「其以正月、七月、十月之望(十五日)為三元日，則自元魏始。」參見「三官」。③指天、地、水。《雲笈七籤》卷五十六：「夫混沌分後，有天地水三元之氣，生成人倫，長養萬物。」④指日、月、星。並以之作為日、月、星之神的總稱。《黃庭內景經》：「上睹三元如連珠。」註：「三元，謂三光之元。」日、月、星也。」⑤指三丹田。《周易參同契》下：「含養精神，通德三元。」俞琰註：「三元，上中下之三田也。」⑥指精、氣、神。《悟真篇》卷上：「四象化行全籍土，三元八卦豈離壬。」董德寧註：「三元者，三才也，其在天為日月星之三光，在地為水、火、土之三要，在人為精、氣、神之三物也。」陳攖宁《黃庭經講義》：「三元即元精，元氣，元神。」參見「元氣。」⑦術數家以六十甲子配九宮，一百八十年為一周始。第一甲子為上元，第二甲子為中元，第三甲子為下元，合稱三元。《晉書·苻堅載記下》：「從上元人皇起，至中元，窮於下元，天地一變，盡三元而止。」