(1)中醫名詞。指右腎，是生命攸關之處。《難經•三十六難》：「左者為腎，右者為命門。命門者，諸神精之所舍，元氣之所繫也」。

(2)督脈穴位名。在第二、三腰椎棘突間。

(3)眼睛穴異名。《靈樞•根結》：「太陽根於至陰，結於命門。命門者，目也」。

(4)內丹術語。其說不一。①丹田異名。《黃庭內景經•脾部章第十三》：「方圓一寸命門中」。務成子注：「即黃庭之中，丹田之所也」。《黃庭內景經•隱藏章第三十五》：「閉塞命門保玉都」。務成子注：「元陽子曰：「命門者，下丹田精氣出入之處也」。《玄微心印•諸竅異名》：「兩腎之間謂之命門」。②指脾。《黃庭內景經•序》務成子自注：「脾為……命門」。③指臍。《黃庭外景經•上》：「後有幽闕前命門」。務成子注：「臍為命門」。④指鼻。《黃庭外景經》：「三府相得開命門」。梁互子注：「命門者，鼻也」。⑤指臍下。實即丹田。《道樞》卷八《外景篇》：「命門者，臍之下也」。⑥指右腎。《道樞》卷三《七神篇》；「夫臟各有一，腎獨有二，何也?非皆神也，其左者為腎，其右者為命門。命門者，諸神精之所舍，元氣之所繫也」。⑦謂陽關。《金仙證論•圖說第十》：「關元下即陽關，亦名命門，乃男女洩精之處」。

(5)相術術語。相術家以面部左右兩旁，當耳門處為命門。(6)經穴名。《皇極闔闢仙經》：「命門一竅，即臍後一寸三分，天心是也。一名神爐，又名坤爐。而息之起、息之止在此一穴」。