(1)指道之根本。《道德經•六章》：「玄牝之門，是謂天地根」。《文選》晉盧子諒(湛)《贈劉琨》詩：「處其玄根，廓焉靡結」。

(2)謂玄妙之根性。《皇經集注》卷五《神咒品四章》：「乃天地之玄根」。注：「若夫玄根，一切根皆有象，道生天地，雖有無極，太極生兩儀之圖，太極本無象、真者，見不得，言不得盡圖，不過假像教人、天地之根，有何實象。雖無實象，其實循環無盡，故曰玄根」。

(3)內煉名詞。①指身軀。《雲笈七籤》卷十二《黃庭內景經•肝氣》：「通利天道存玄根」。注：「身為根本」。②指口中的津液。又卷十一《黃庭內景經•脾長》：「含嚥金醴吞玉英」。注：「金醴玉英，口中之津液。《太洞經》雲：服玄根之法……嚥液九過也」。③指存思人身心口處之氣。《無上秘要》卷七十六《餌玄根品》：「兆臥旦起之時，存口有一白氣，大如鷄子黃，鷄子黃之外又有五色，五色氣宛轉自生，結溢於外，須臾乃滿心口中，名曰三五七九之氣，玄根之精也」。