(1)指衍生萬物的本源。《道德經•六章》:「穀神不死,是謂玄牝。玄牝之門,是謂天地根」。《南齊書•顧歡傳》孟景翼《正一論》:「一之為妙,空玄絕於有景,神化贍於無窮,為萬物而無為,處一數而無數,莫之能名,強號為一。在佛曰實相,在道曰玄牝」。
(2)指人身中一竅中為內煉的關鍵部位。《道法會元》卷一百九十五:「要知身中一竅,名曰玄牝。此之一竅,乃神氣之根,虛無之穀,在身而求,不可求之無他也,又不可私意揣度,是必口傳心授,苟或不爾,皆為妄也」。
(3)①指二腎之間為玄牝。《養生秘錄》:「二腎之間,虛生一竅,是謂玄牝,二腎之氣貫通玄牝之間」。元玄全子《諸真內丹集要》卷上《純陽呂真人玄牝歌》:「玄牝之門號金母……借問如何是玄牝?嬰兒初生先兩腎,兩腎中間一點明,逆為丹母順成人」。②指任、督二脈。明李時珍《奇經八脈考》:「修行之士,身中一竅,名曰玄牝……八脈九竅,十二經、十五絡聯輳,虛間一穴,空懸黍珠。醫書謂之任督二脈,此元氣之所由生,真息之所由起」。③指髓門。晉許遜《靈劍子》:「欲得延年壽,無過治髓門。髓門者,玄牝之門也」。④指臍下氣海。幻真先生《胎息經注》:「臍下三寸為氣海,亦為下丹田,亦為玄牝。蓋玄者水也,牝者丹也……修道者常伏其氣於臍下,守其神於身內,神氣相合而生玄胎。玄胎既結,乃自生身,即為內丹」。⑤指中宮脾。《養生秘錄》:「中宮,即黃庭,即玄牝,即先天一氣,即玄關一竅,即至善之所,即黃極之道,即允執厥中。在五行謂之土,在五臟謂之脾,在五常謂之信。藥物三氣,五神火候,呼吸盡在見矣」。⑥指人化氣生身之處。明趙台鼎《脈望》:「玄牝無可名狀,但闔闢始有動處。故即為門,為天地根,化化生生,其出無窮也。人但能默會於此,守而行之,悠悠綿綿,多內出少,所謂真人之息以踵」。⑦指人體內陰陽兩方面。《攝生纂錄•金丹問答》:「玄牝,在上曰玄,在下曰牝。玄關一竅,左曰玄,右曰牝」。⑧即下丹田。元玄全子《諸真內丹集要》卷上《純陽呂真人玄牝歌》:「世人若識真玄牝,不在心兮不在腎,窮取生身受氣初,莫怪天機都洩盡」。⑨即精神意念。《諸真內丹集要》卷中:「舉心動念謂之玄牝。⑩先天精氣。《晉真人語錄•答馬師父十四問》:「玄者父精,牝者母血也,元初各八兩,合為一斤。一點元陽真氣,便是元本也。四先天元神、性。《玄宗直指萬法同歸》卷三:「性有本來真性,一點元陽,名曰穀神,又曰玄牝」。
(4)外丹名詞。即真陰真陽,又指戊己二土。《外金丹•黃白鏡》:「玄牝者,是真陽真陰也,為萬物化生之本,先天先地,元精元氣也。居於天地之正位,隱於坎離之中爻。坎中之陽,即鉛中之白金也,白金屬陽,是為戊土,又稱真父;離中之陰,即砂中之黃輿也。黃輿屬陰,又為己土,又稱真母,萬物生於土,戊己土也。即真玄真牝也,故以玄牝為之真父母」。